發酵法生產檸檬酸，活性炭的作用是除去膠質、蛋白質和脫色。檸檬酸液中有稱為羅維邦紅色素和羅維邦黃色素的色素，活性炭很易除去其中的紅色素，而對除去黃色素卻較困難。因此，當使用市售普通活性炭時，經脫色處理后的檸檬酸往往殘留有黃色素而影響結晶色品。近年，國內有研究成功易于去除黃色素的專用活性炭。但當將檸檬酸制成檸檬酸鈉時，則應選用另外的專用活性炭處理。